Son dos las comisiones que se le aplican a los planes de pensiones: comisiones de gestión y comisiones de depósito.
Comisión de gestión: Son las que cobra la entidad gestora por labores como: administrar el patrimonio de los fondos de pensiones, llevar de la contabilidad del fondo, gestionar las aportaciones y prestaciones y controlar a la entidad depositaria, cuantificar la cuenta de posición, realizar el reporting a partícipes y beneficiarios, etc.
Comisión de depósito: Son las que cobra la entidad depositaria por labores como: custodiar los activos financieros, ejercitar las operaciones de compra y venta de valores, instrumentar cobros y pagos, emitir los certificados de pertenencia, etc.